La première pierre est bénie par l'abbé Euler et l'inauguration s'effectue en 1995 par Mgr Dumoget.Elle succède à une chapelle primitive qui daterait du 6ème siècle et dont les dernières traces remontent à 1930 ( pierres de taille, vestiges de fenêtres ogivales et pilliers.) Certains auteurs pensent que cette chapelle était en fait la première église de Jongieux avant la construction de celle de Jongieux-le-Haut au XVIIè siècle. Des travaux ont été réalisés en 1716 : crépi, reconstruction de la voûte, carrelage, plâtre. La cloche aurait été achetée à ce moment- là mais elle se serait envolée un jour de tempête et enlisée dans les marais de Lagneux. Cette chapelle est abandonnée pendant la période révolutionnaire.
Avant la chapelle primitive, il y avait un sanctuaire gallo-romain du IIème siècle. C'est à l'occasion de la mise en place d'une croix que l'on se rend compte que le piédestal utilisé n'est autre que la dalle d'un laraire, petit temple romain. Suite à cette découverte, on entreprend des fouilles pendant l'hiver 1938-1939 qui vont permettrent de découvrir des pierre monumentales et une stèle, pierre blanche provenant des carrières du Rhône à Yenne, dédiée au Dieu Gaulois Silvain, dieu aux fonctions multiples : dieu de l'abondance . On a donc sculpté ce dieu Silvain afin de glorifier la vigne. Le Dieu Silvain est représenté de la manière suivante : " Un vieillard barbu et chevelu aux formes athlétiques, vêtu seulement d'un pagne rituel, présentant dans sa main gauche, un panier d'offrande rempli de fruits et de légumes et portant, à droite, une marmite d'airain. La stèle porte au dos l'épitaphe d'une chrétienne au nom germanique de Valho morte en 504 à l'âge de 83 ans et enterrée à cet endroit.
